Qué pasa cuando te despiden, si tus liquidaciones las paga la isapre ?

Buenas tardes, entiendo que después de una licencia, al volver a trabajar, el empleador me puede despedir por necesidades de la empresa, mi pregunta va a qué el cálculo de la indemnización se hace por los últimos tres meses y mi licencia duro 3 meses, el cálculo será perjudicial para el pago de años servicios porque las liquidaciones de sueldo no la paga el empleador sino la isapre.
¿Se puede hacer algo para que me paguen lo que corresponde?

Atte,

Gonza