Pensión de alimentos en período de licencia médica

Estimados:
Desde hace casi un mes me encuentro con licencia médica. Soy trabajador dependiente con contrato indefinido y hace tres meses atrás que se me aplica descuento por retención judicial de pensión de alimentos por planilla de sueldo de mis 2 hijos. Ahora para éste mes de agosto se me complicará ya que las licencias están en peritaje por parte de la controladora de la Isapre que estoy afiliado, por lo que se me complica el pago parcial o total de dichas pensiones. la consulta apunta a que si mi empleador igual debe depositar dichas pensiones aunque yo me encuentre con licencia? ¿Si no es así, debo dar cuenta en tribunales de mi condición o bien de alguna forma realizar el depósito?
desde ya muchas gracias por vuestra ayuda.