¿Si estoy casada en separación de bienes, mi esposo podría quitarme la casa si nos divorciamos?

Si la casa fue adquirida por el, sí. Pues está en su patrimonio, que es exclusivo de acuerdo a este régimen.
Si existen hijos, podría pedir el ususfructo de esta casa como alimentos.
En caso de divorcio, podría pedir compensación económica que se hiciera efectiva sobre esta casa, en caso que se den los presupuestos establecidos en la ley.

Estimada
Si la casa la adquirió usted directamente encontrándose bajo el régimen matrimonial de separación de bienes el no podría quitársela porque no tiene derechos sobre ese inmueble.