Licencia médica sector público v/s isapre

Desde marzo estoy con licencia médica por patología del embarazo, se cálculo por parte de la isapre el sueldo considerando los 3 últimos meses trabajados feb-ene-dic, en esa época yo tenia 40 hrs de trabajo, desde marzo tengo 30 hrs de trabajo, no he trabajado ningún día de este año, han sido licencias continuas, la isapre esta pagando bien a mi empleador, pero a mi me pagan sueldo por 30 hrs, fuimos a consultar y me dicen que las diferencias de platas se irían a arcas fiscales (municipalidad), por que por el hecho de ser empleado municipal no tengo derecho a subsidio ya que mi sueldo me lo cancelan mensualmente. ¿Es así el procedimiento? gracias